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- Est un composé intervenant dans une réaction chimique sans être modifié,
- Accélère la réaction chimique sans modifier l ’équilibre de la
réaction.
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- Puissant catalyseur,
- spécifique d ’une réaction chimique,
- est une protéine (sauf ribozymes),
- est régulée
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- Site actif,
- substrat,
- coenzyme ou cofacteur,
- vitesse de la réaction,
- activateur,
- inhibiteur.
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- Oxydoréductases
- Catalysent les réactions d ’oxydo-réduction et utilisent des
coenzymes (NADH, NADPH, FADH2).
- Transférases
- Catalysent les transferts de groupes chimiques
(amino,carboxyl,carbonyl, methyl, acyl, glycosyl, phosphoryl …).
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- Hydrolases
- catalysent l ’hydrolyse de liaison C-R par addition d ’eau
(peptidases, glycolases…)
- Lyases
- catalysent la coupure de liaison C-C, C-S ou C-N mais pas la liaison
peptidique (decarboxylase,…)
- Isomérases
- catalysent l ’isomerisation d ’isoméres optiques.
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- Ligases
- catalysent la formation des liaisons
- C-O, C-S, C-N, … L ’énergie nécessaire provient
en général de l ’ATP.
- Cette classification permet de donner un numéro à chaque enzyme.
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- Nécessité de collision moléculaire,
- Les réactifs doivent avoir une énergie suffisante pour atteindre un état
de transition,
- Les réactifs doivent être correctement orientés,
- Les liaisons et les angles de liaison vont être modifiés.
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- On a utilisé longtemps des unités totalement arbitraires, par exemple :
les unités Bodansky ou les unités Bessey pour la détermination de
l’activité de la phosphatase alcaline.
- En 1961, l’I.U.B. (International Union of Biochemistry) recommande
l’emploi d’une “unité d’enzyme” : l’unité internationale (UI) qui est
définie comme étant la quantité d’enzyme qui catalyse la transformation
d’une micromole de substrat par minute dans des conditions définies (1
UI est équivalent à 1 mmol.min-1).
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- Dès 1966 l’I.U.P.A.C.- I.F.C.C.1 I.F.C.C propose le catal (cat) qui en
72 devient le katal (kat) :
- quantité catalytique d’un système qui catalyse suivant un schéma
réactionnel décrit, la transformation d’une mole par seconde
- (1 kat est équivalent à 1 mol.s-1)
- En 1978 on adopte le terme d’activité catalytique
- (symbole z )
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- Test de Bradford.
- C'est un test colorimétrique pour mettre en évidence et doser des
protéines en solution. Il est basé sur l'utilisation du bleu de
Coomassie G250 qui vire du rouge-brun au bleu en présence de protéine.
La longueur d'onde maximale d'absorption du complexe bleu de Coomassie +
protéine est de 595 nm.
- La méthode de Lowry
- Le Lowry est essentiellement un biuret dont la coloration est augmentée
par le réactif de Folin-Ciocalteu, la sensibilité est ainsi augmentée
d'un facteur 10.
- protéine + Cu++ --> complexe tetradentate-Cu+
- --> + Folin phenol + complexe phosphomolybdique/phosphotungstique
--> complexe bleu lu à 750 nm
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- Le réactif est une solution verte constituée de CuSO4 et d'acide
Bicinchoninique ou BCA. En milieu alcalin, les protéines réduisent les
ions cuivriques Cu++ en ions cuivreux Cu+ qui forment avec le BCA un
complexe coloré en pourpre.
- L'intensité de la coloration est directement proportionnelle à la
concentration en protéine dans l'échantillon et peut être lue à 562 nm.
- Le dosage est compatible avec jusqu'à 1% de détergent ionique ou
non-ionique.
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- Gamme de Dosage et lecture
- Dosage BCA
- Micro BCA
- Lowry Pierce
- Coomassie
- Coomassie Plus
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- Le deux grandes modélisation d ’une enzyme:
- État d ’équilibre
- versus
- État stationnaire
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- 1) loi d ’action de masse
- 2)
- 3) loi de conservation de masse
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- L’équation de Michaelis a été transformée pour pouvoir la présenter
graphiquement sous forme de droite.
- Ce pendant cette transformation ne répond pas aux exigences
statistiques, à savoir la variable y est mesurée et x est une variable
fixée.
- Dans la transformation de Lineweaver-Burk, la transformation inverse
modifie le poids des données et attribue un poids élévé aux données les
moins précises (les concentrations faibles, par transformation inverse
auront un pois élevé)
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- Dans la transformation de Eadie-Hofstee, il y a mélange des variables
indépendantes (concentration) et dépendantes (vitesse).
- La seule façon correcte d’estimer les paramètres Vm et Km est la
régression non linéaire.
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- Introduisez les données sur 2 colonnes
- Introduisez les estimations de départ pour Vm (la vitesse à forte
concentration) et Km (la concentration approximative correspondant à
Vm/2
- Choisissez le menu XLSTAT-Modélisation des données - Genfit
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- Celui-ci est complété (en rouge) par la valeur du t
(paramètre/Ecart-type) et par la p-valeur (fonction loi Student en
Excel)
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- Le paramètre est validé si la p-valeur < 0.05
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- Cacul de la variance : SSR/(n-2)
- Calcul de l’écart-type : racine (variance)
- Calcul du résidu réduit : résidu/écart-type
- Validation de la donnée si le résidu réduit < Grubbs 0.01
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